Nach Abschluss seiner Ausbildung in Venedig verbrachte er einen Großteil seiner Karriere im Ausland und reiste durch Europa. Amigonis Jahre in Deutschland waren prägend für ihn. Er widmete sich dort zunächst dem Rokoko und später dem Englischen Stil. Seine Gemälde aus dieser Periode zeigen einerseits Motive aus Mythologie und Geschichte und andererseits Persönlichkeiten aus der britischen Aristokratie und der Königsfamilie.

Heute zeichnen sich seine Gemälde durch helle Farben und ansprechende Konfigurationen mit verspielten Figuren aus. Helle und äußerst elegante Gemälde mit einer tiefen kompositorischen Klarheit machen Amigoni zu einem der größten Vertreter des Arkadischen Stils und Rokokos.

Sein Stil beeinflusste Giuseppe Nogari, einen anderen bekannten Rokokomaler des 18. Jahrhunderts. Zu seinen Schülern zählten Charles Joseph Flipart, Michelangelo Morlaiter, Pietro Antonio Novelli, Joseph Wagner und Antonio Zucchi.

Amigoni zog 1747 nach Madrid, wo er als Porträtmaler am Hof Königs Ferdinand VI arbeite. Er starb 1752 in Madrid.